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基建办前身为新校区建设管理处,是在校党委领导下,负责学校基本建设管理的行政职能部门,主要承担着我校旗山校区的发展规划和基本建设任务。基建办现有职工4人,其中3人具有本科学历及中级职称,1人具有研究生学历,是一个文化素质高、专业能力强、富有凝聚力和战斗力的集体。2010年和2012年,基建办曾先后两次荣获“福建中医药大学后勤系统先进集体”的光荣称号。新校区建设十年来,基建办在校党委领导下,紧密围绕学校各项工作部署,狠抓项目建设管理,严格落实基建规划,统筹兼顾、因地制宜,完成各类建筑面积242979平方米,完成基本建设投资7亿多元,完成单体建筑33座,征用土地915亩,基本完成了旗山校区建设。如今旗山校区环境优美,功能齐全,五行楼、求真楼、室内训练馆等多个工程项目获得各级政府普遍好评;时珍园、宋慈湖、大医亭等文化景观每年都吸引大量社会人士、中小学生来校参观。